Ja. Für jede Domain bzw. Subdomain kann bei Bedarf ein eigenes Startverzeichnis festgelegt werden, was aber im Hinblick auf die Multidomain Fähigkeit von TYPO3 nicht der Fall sein muss. Bei TYPO3 Projekten ist es sinnvoll, für eine Website eine eigene Datenbank zu verwenden.
So wären z.B. beim NGINX Startup S fünf verschiedene TYPO3 Systeme in einem Hosting Paket möglich.
Jedoch sind hier nur Ihre eigenen Projekte und Domains zulässig. Möchten Sie etwa die Domains und Projekte eines Freundes oder andere / eigene Kunden unterbringen und somit weiter vermieten, ist hierfür ein separater Kundenaccount anzulegen, wofür Managed V.- und Root Servern vorgesehen ist.